城墙被炸开之后，中华军的突击队立刻从炸开的缺口杀入城中，而在此前的战斗中一直都表现得十分勇猛的俄军士兵，这时却都纷纷举手投降，并没有进行殊死的抵抗。因此中华军也十分顺利的杀过了城墙缺口，攻入了尼布楚城里。
本来城里还有三四千俄军，如果俄军拼死抵抗的话，以俄军强悍的近身作战能力，还是可以对中华军造成相当大的损失的。但一来刚才俄军最后的突击己经消耗掉了俄军的锐气，而中华军攻城时的强大火力也给了俄军巨大的震慑力，也使俄军终于明白，自己是遇到了一个根本就不可能战胜的对手，这一次到东方来作战，本来就是一个错误。现在尼布楚城己经大势己去了，继续抵抗下去，根本就是死路一条。而哥萨克人本来就没有民族、国家意识，虽然说投降也是生死不知，但至少还有一线生机，因此俄军的士兵们谁都不愿再死战下去，于是都是成群结队的向中华军投降。
结果中华军攻入尼布楚城之后，基本没有遇到任何抵抗，投降之后的俄兵也都十分老实，放下武器，解除了武装，在中华军指定的地方聚集下来。中华军则迅速的在尼布楚城里扩展开, 很快就占领了除了总督府以外的其他大部份地方。
这时在尼布楚总督府里，还有巴什科夫、别克托夫、捷潘诺夫等几名军官和二百余士兵，还在继续负隅顽抗。其实在这个时候，按这几个人心里的想法来说，也并不想抵抗，因为谁都知道尼布楚己经大势己去了，抵抗只有死路一条。但他们也非常但心，由于自己在前几天有了表面讲和，而暗地里却偷袭中华军的事情，普通的士兵投降了，也许还有一条活路，而自己投降，那就很难说了。
而现在继续抵抗下去，自己也同样看不到任何希望，因此几个人也大眼瞪小眼，也都不知该如何才好。而心里都十分后悔，要知道是现在这个结局，那么就早该撤出尼布楚城算了，但现在枪声越来越近了，留给他们的时间己经不多了。
巴什科夫首先沉不住气了，道：“各位，我们己经没有多少时间了，抵抗下去，肯定是没有活命的机会，因此仪决定向中华军投降，碰一碰运气，也许还有机会的。致于你们，我并不要求你们一定要做和我一样的选择。”
其他人听了，也都互相看了几眼，别克托夫道：“总督大人，我们也都一起投降吧，要死大家就死在一起，如果上帝保佑我们，那么大家也能一起活下来。”
他这一表态，其他也都纷纷表示，都愿意投降，碰碰运气。而这时只听外面“轰”的一声巨大的爆炸声响，愿来是总督府的大门己经被中华军的火炮给轰开了。巴什科夫赶忙道：“快、快，我们快投降，要不然就晚了。”
果然中华军轰开了总督府的大门之后，硝烟刚刚散尽了一些，只见有五六俄军打着几面白旗，从总督府里冲了出来，有人高举着双手，不停摇晃，以示自己并沒有拿武器，而且还大叫道：“投降、投降，别打了，别打了。”
虽然中华军听不懂他们说的是什么，但看样子也差不多能够明白，因此也停止了射击，将投降的俄军都控制起来。而总督府的其他官兵见了，也都纷纷举手出来，全部投降。总督府也就这样被中华军攻占。
占领了总督府之后，尼布楚城也被中华军完全占领，城里所剩佘的四千七百多名俄军，以及居民全部都像中华军投降。而且也标志着这一次中俄战争结束，史称第一次中俄战争。
这一次中俄战争，是以中华军的全面胜利而告结束，中华军一共歼灭了俄军六千二百三十五人，历次俘虏投降的俄军有五千七百七十九人，逃走的俄军只有二三百人。而中华军自身的损失只有阵亡了七百三十三人，另有四百二十一人受伤。而在这一战中，中华军还缴获了俄军的战马三千二百五十七匹，火枪六千余支，火炮十门，军车八十余辆，其他的武器、帐蓬也达到六千余件。
而且这个时候沙俄在尼布楚城盘据己有数年时间，因为沙俄政府是将尼布楚城做为侵占黑龙江流域的基地，因此在修建尼布楚城的时候，并不仅仅只是按一个军事堡垒标准，而是一个综合性的城市。因此尼布楚城的规模要比雅克萨城大得多，而在城里除了军用设施以外，还修建了不少民用建筑，有教堂、行政厅、旅馆、酒店、妓院、商铺以及许多民房。现在尼布楚城里已有三千多常住人口，其中大部份都是俄兵的家属，有相当一倍份都是女性，也有少数是到东方来进行贸易的商人，或是其他的冒险者。人口是以哥萨人为主，另有少量其他民族。
而且在尼布楚城里也储备了不少物资。清过中华民的清查之后，一共得到了火药三万二千余斤，粮草二万七千余石，草料六千余石、酒二百余桶，各种牲口三百五十余头，白银五万余两，黄金一千六百两。收获可也不算小。
不过在中华军进城之后，对尼布楚城里的居民并沒有什么骚扰，只是全城实行戒严，并限制了居民的行动自由，而所有的店铺都暂时关门停业。并对每一户居民进行登记，对俘虏的士兵也进行审核。同时童大勇也将这一战的辻程写成报告，传回到南京。
在一个月之后，童大勇收到来自南京国防部的命令，大体的內容是：
一、中华军在尼布楚城、雅克萨城驻军留守，做为东北边境的防守距点，并加修城防建筑以固守，而中华军的巡哨的范围西到捕鱼儿海边、北到外兴安岭，并在这些边境地区修建城堡、烽火台驻守；
二、招集黑龙江流域的达斡尔人、鄂伦春人，虎尔哈人等部族人员到尼布楚、雅克萨两城定居，并由军队付责组织屯田开荒，而尼布楚城中的原居民如想返回原籍、可以任其返回，而愿意留下来的，迁出尼布楚城，在城外择地建村定居；
三、俘虏的俄军士兵进行身份审核，对先期在尼布楚城的驻军的所有军官进行枪决，而士兵和后期到达尼布楚的俄军军兵免除死罪，但处罚他们在尼布楚、雅克萨两城做苦工，在做工满五年之后可以获得释放。而在做苦工期间，如果遇到战争，俘虏可以参军做战，以抵消自己的罪行。
第一、二条都表示，中国己经准备在以尼布楚、雅克萨两城为核心，建立居民定居点，做为长久之计，将这两座城作为中国东北方的保障。同也是以后与俄罗斯争夺西北方地区的基地。而第三条的后半部份，在发生战争的时候，允许俘虏参战，也是商毅经过了详细的考虑，才制定出来的决策。
因为黑龙江上流以及捕鱼儿海地区都属于遍远地区，而现在的中华军，基本都是河北以南地区的人组成，因此很难将大量人马长期驻守在这一地区，如果希望在这地区长期驻守、保持稳定，必须要多依靠当地人，但在这个时候，这一带地区都是人烟稀少的地方，很难招集到足够的兵源。外蒙离这里到是很近，可以做为一个重要士兵来源，但现在外蒙也才刚刚归复帝国，并不能做太大的指望，在另一时空里，外蒙归复清廷之后，也是经常发生叛乱的。
因此商毅也把目光放到哥萨克人身上。虽然说哥萨克人居住的地方离这些地区还有相当一段距离，但哥萨克人本身就是一个游牧渔猎，因此做长距离迁移，也不是不可以。而且现在哥萨克人并没有民族、国家的观念，在东欧、中北亚的几个大势力之间游离不定，朝秦暮楚。但既然俄国可以收买、利用哥萨克人的力量，那么中国也同样可以。
俄罗斯能给哥萨克人的东西，中国同样也能, 而且还能给得更多。当然这并不是说中国在北方要依赖哥萨克人，而是做为中国在北方地区可以运用的力量中的一支，毕竟在末来两百年内，哥萨克人都是俱有很强的实力，而这一支力量，中国也不能把这支力量全部都推给俄罗斯。如果能争取到一部份哥萨克人，不仅可以増强自已的力量，同时还可以消弱俄罗斯的力量，同时将哥萨克人引入到这一地区，对外蒙各部也是一个牵制作用，因此也是一举三得。
不过这一切都是在以中国为主导的前提下进行，而且针对哥萨克人这种蝙蝠似的性格，也不能一味的示好，必须恩威兼施，这样才能最大限度的控制哥萨克人，因此在现在这个时侯，彼中华军俘虏的哥萨克人，还是要老老实实的做几年苦工再说。
而收到了南京国防部的命令之后，童大勇也立刻尊令照办, 开始以尼布楚、雅克萨两城为核心，开始布置了起来。